Há três raças de personagens em Phantasy Star Zero: humanos, newmans e casts.

Os humanos dispensam apresentações, sendo de modo geral os personagens mais equilibrados. Ocupam o planeta Terra, onde o jogo se passa. Os newmans parecem humanos, mas têm orelhas pontudas e propensão ao uso de técnicas. Sumiram da face da Terra após um misterioso evento ocorrido há duzentos anos. Os casts são entidades mecânicas, robôs inteligentes, com muita força física, que estiveram adormecidos por duzentos anos, e agora estão despertando aos poucos, sem memória.

O jogo separa as três raças em níveis de dificuldade, considerando humanos como melhores para novatos, casts melhores para jogadores intermediários e newmans para jogadores experientes. Cada raça gera histórias diferentes ao longo do jogo.

Além de escolher a raça de seu herói, você também deve escolher uma das três classes disponíveis: hunters, rangers e forces. A combinação de raças e classes pode gerar personagens balanceados. Estas são as combinações possíveis:

Mestres no combate físico, primam pelo uso da espada.

	HUmar: Boa classe para novatos, mas também equilibrada e poderosa em níveis mais altos. Além de peritos na luta corpo-a-corpo, podem usar técnicas de cura e ataque, mas seu forte está mesmo na força bruta.
	HUmarl: Classe nova estreando em Phantasy Star Zero. Não difere muito da classe HUmar, mas têm menos força física e mais precisão. Também podem usar algumas técnicas.
	HUcast:
	HUcaseal
	HUnewm
	HUnewearl

Peritos no combate a longa distância usando armas de fogo.

• RAmar
• RAmarl
• RAcast
• RAcaseal

Capazes de invocar magias de ataque, cura e assistência, mas com poucas habilidades no combate físico.

• FOmar
• FOmarl
• FOnewm
• FOnewearl