O primeiro episódio de PSO trata da chegada de um povo ao planeta Ragol.

O planeta original desse povo, Coral, entra em colapso ambiental, motivando a busca por um novo lar. O planeta Ragol parece adequado, e a gigantesca nave Pioneer 1 dá início à colonização. Tempos depois chega a segunda nave, Pioneer 2. Porém, quando esta última se aproxima de Ragol e tenta entrar em contato com a colônia, uma grande explosão ocorre na superfície do planeta, e todo o contato com a Pioneer 1 é interrompido.

Intrigado, o comandante da Pioneer 2 envia equipes de hunters (caçadores) à superfície de Ragol. Além de investigar o ocorrido, o comandante Tyrrel também quer saber o que aconteceu com sua filha, Red Ring Rico, uma hunter que desapareceu no planeta.

Em cada cenário, o jogador vai encontrando mensagens deixadas por Red Ring Rico, narrando sua investigação em Ragol. Conforme a história avança, o jogador descobre através das mensagens de Rico que a origem dos problemas é Dark Falz, uma entidade maligna que desperta a cada mil anos. Como a própria Rico diz em uma mensagem, a Pioneer 1 chegou em Ragol na pior hora possível.

A investigação sobre os últimos passos de Rico leva às misteriosas ruínas de Ragol, que são na verdade parte de uma grande espaçonave. Foi nessa espaçonave que Dark Falz foi aprisionado, e o jogador tem que enfrentá-lo. Quando a criatura é derrotada, um dos anéis de Rico cai no chão, indicando que ela morreu nas garras da criatura. Terminando o jogo em condições especiais, é possível ver o espírito de Rico nos momentos finais do jogo.

Há quatro cenários principais em Ragol: florestas, cavernas, minas e ruínas.

A floresta contém felinos ferozes e outras bestas, e tem como chefe um enorme dragão; nas cavernas, muitas plantas capazes de paralisar o jogador e o chefe Del Rol Le, um “minhocão”; as minas estão cheias de robôs e tanques de guerra perigosos, com o computador-chefão Vol Opt no final; concluindo, as ruínas trazem criaturas negras com garras afiadas e habilidades mágicas, além do chefão Dark Falz.

O jogador pode cumprir várias quests (missões) nesses cenários. As quests incluem resgates de personagens, investigações e outras coisas. Cada missão vale uma certa quantia em mesetas. É vital cumprir quests para avançar níveis e estar preparado para as missões principais de cada cenário.

As missões principais fazem a história avançar. Cada cenário tem uma missão, que consiste em percorrer as duas ou três áreas principais do cenário em questão e enfrentar o chefão correspondente, lendo as mensagens de Red Ring Rico pelo caminho para saber o rumo da trama.