Quando Palma foi destruído em AW 1284, alguns de seus habitantes fugiram em naves para o espaço. Alisa III era uma dessas naves. Enquanto algumas das outras naves viajaram para Motávia ou Dezóris, a Alisa III e sua nave-irmã, Neo Palm, iniciaram uma jornada aos confins do espaço. A viagem durou mais de mil anos.
A Alisa III e a Neo Palm são naves-mundo, e cada uma delas é composta por sete domos enormes conectados por túneis. Cada domo tem seu próprio clima, controlado pelos equipamentos do domo central. Duas luas, Azura e Dahlia, orbitam a Alisa III como parte do sistema de clima. A nave é mantida em grande parte por um sistema de auto-reparo.
O domo central chama-se Aridia, e é constituído por um deserto. Os outros domos, começando pelo superior esquerdo do mapa do jogo e seguindo em sentido horário, são Landen, Aquatica, Draconia, Terminus, Frigidia e Elysium. Elysium é o lar dos pilotos da nave. Draconia, no lado oposto, abriga os motores. Um personagem de Phantasy Star III chama Aquatica de Draconia por engano. O manual inclui uma errata corrigindo o erro.
A Alisa III acaba invadida por Dark Force, que faz os habitantes se voltarem uns contra os outros. Surgem facções de orakianos e layanos, nomeadas em homenagem a seus respectivos líderes, e a guerra entre elas tem início. Os orakianos constroem máquinas de guerra, e os layanos desenvolvem biomonstros. A guerra, conhecida como Guerra Devastadora, reduz ambos os lados a um estado medieval e causa a perda de tanto conhecimento que até o fato de Alisa III ser uma espaçonave acaba sendo esquecido.
De acordo com os antigos sábios da cidade de New Mota em Alisa III, a nave era parte de uma esquadra de 400 naves. Eles acreditam que Dark Force tenha destruído todas as outras, sobrando apenas a Alisa III e a Neo Palm, e que depois disso ele subiu a bordo da Alisa III. Eles não sabem afirmar se as outras naves pousaram em segurança em Motávia e Dezóris.
O destino das duas naves-mundo é desconhecido, já que cada um dos quatro finais de PSIII toma um rumo diferente. Em um dos finais, as duas naves continuam a vasculhar o universo juntas. Em outro, a Neo Palm é destruída e a Alisa III segue para um planeta sozinha. No terceiro, Alisa III entra em um buraco negro e sai na terra, viajando também no tempo. O último final mostra a Alisa III chegando em outro planeta, sem vestígios da Neo Palm.
Esta página foi traduzida da página de perfil da Alisa III no site Fringes of Algo, com permissão do autor